Sebulan selepas serangan 9/11, beliau menganjurkan konsert "Come Together: Night for John Lennon’s Words and Music" di Radio City Music Hall. Dihoskan oleh pelakon Kevin Spacey dan menampilkan Lou Reed, Cyndi Lauper dan Nelly Furtado, ia mengumpulkan wang untuk usaha-usaha bantuan 11 September dan disiarkan di TNT dan WB.

Semasa Liverpool Biennial pada tahun 2004, Ono membanjiri bandar dengan dua imej di kain rentang, beg, pelekat, poskad, risalah, poster dan lencana: salah satu payudara telanjang wanita, model vuluva lain yang sama ini. (Semasa beliau tinggal di bandar Lennon lahir, beliau berkata beliau "terkejut" oleh kebangkitan di bandar ini.) Sekeping bertajuk My Mummy Was Beautiful, didedikasikan kepada ibu Lennon, Julia, yang telah meninggal dunia ketika dia masih remaja. Menurut Ono, maka usaha itu bertujuan untuk menjadi yang tidak bersalah, tidak mengejutkan; dia cuba untuk meniru pengalaman bayi melihat ke atas pada badan ibunya, bahagian-bahagian badan ibu menjadi pengenalan kanak-kanak kepada manusia.

Ono membuat persembahan pada majlis pembukaan untuk Sukan Olimpik Musim Sejuk 2006 di Turin, Itali, memakai putih, seperti ramai penghibur lain dalam majlis tersebut, untuk melambangkan salji musim sejuk. Beliau membaca satu ayat puisi menyeru untuk keamanan dunia sebagai pengenalan kepada persembahan Peter Gabriel "Imagine".

Pada 13 Disember 2006, salah seorang pengawal peribadi Ono telah ditangkap selepas dia didakwa dirakam cuba memeras $ 2 juta daripadanya, mengancam untuk mengeluarkan perbualan peribadi dan gambar. Ikat jamin beliau telah dibatalkan, dan dia mengaku tidak bersalah terhadap dua tuduhan pencurian. Pada 16 Februari 2007 , satu perjanjian telah dicapai di mana tuduhan peras ugut digugurkan, dan beliau mengaku bersalah terhadap pencurian dalam tahap ketiga, feloni, dan dijatuhi hukuman 60 harinya sudah dihabiskan di penjara. Selepas membaca kenyataan tiada maaf, beliau telah dikeluarkan kepada pegawai imigresen kerana beliau juga pernah didapati bersalah tinggal melebihi tempoh visa perniagaannya.

Pada 26 Jun 2007, Ono muncul dalam Larry King Live bersama-sama dengan McCartney, Ringo Starr, dan Olivia Harrison. Beliau menganjurkan Festival Muzik Pitchfork di Chicago pada 14 Julai 2007, mempersembahkan satu set lengkap yang bercampur muzik dan seni persembahan. Beliau menyanyikan "Mulberry," sebuah lagu mengenai masa beliau di kawasan luar selepas kejatuhan Jepun dalam Perang Dunia II untuk kali ketiga sebelum ini, dengan Thurston Moore: Beliau sebelum ini telah menyanyikan lagu dengan John dan dengan Sean. Pada 9 Oktober tahun itu, Imagine Peace Tower di Viðey Island dalam Iceland, khusus untuk keamanan dan Lennon, dihidupkan dengannya, Sean, Ringo, balu George Harrison, Olivia yang hadir.

Ono kembali ke Liverpool untuk Dwitahunan Liverpool 2008, di mana beliau melancarkan Sky Ladders dalam runtuhan Gereja St Luke (yang sebahagian besarnya musnah semasa Perang Dunia II dan kini berada yang tak berumah sebagai peringatan kepada orang-orang yang terbunuh dalam Liverpool Blitz). Dua tahun kemudian, pada 31 Mac 2009, beliau pergi ke perasmian pameran "Imagine: The Peace Ballad of John & Yoko" sempena ulang tahun ke-40 Lennon-Ono Bed In di Queen Elizabeth Hotel di Montreal, Kanada, dari 26 Mei hingga 2 Jun 1969. (hotel ini telah menjalankan perniagaan mantap dengan bilik mereka tinggal di selama lebih 40 tahun.) tahun itu beliau menjadi nenek, apabila Emi dilahirkan untuk Kyoko.

Pada bulan Mei 2009, beliau mereka bentuk kemeja-T untuk kempen Fesyen Terhadap AIDS dan pengumpulan kesedaran HIV/AIDS, NGO Designers Against AIDS, dan H&M, dengan kenyataan "Imagine Peace" digambarkan dalam 21 bahasa. Ono muncul di atas pentas di Microsoft 1 Jun, 2009, sidang akhbar E3 Expo dengan Olivia Harrison, Paul McCartney, dan Ringo Starr untuk mempromosikan The Beatles: permainan video Rock Band, yang dipuji secara universal oleh pengkritik. Ono muncul dalam album Basement Jaxx, Scars serta menampilkan dalam single "Day of the Sunflowers (We March On)".